Музей был основан в 1990 году в честь 70-летия Кубанского медицинского института им. Красной Армии (ныне Кубанский государственный медицинский университет).
В экспозиции и фондах музея представлены материалы по истории развития медицины на территории Краснодарского края со второй половины XIX века по наши дни. А также материалы по истории создания и развития КубГМУ от медицинского факультета в составе Кубанского университета (1920 г.) до самостоятельного Кубанского государственного медицинского института имени Красной армии (1925 – 1994 г.), затем Кубанской государственной медицинской академии (1994 – 2005 г.) и Кубанского государственного медицинского университета (с 2005 г. по настоящее время).
Основную экспозицию составляют материалы по работе врачей и сотрудников ВУЗа по ликвидации инфекционных и эндемических заболеваний в регионе, основание ряда медицинских учреждений. Отдельно освещена история самого здания и его непростая судьба. И, конечно же, одну из важнейших частей в экспозиции составила история участие сотрудников, студентов и выпускников в Великой Отечественной войне – о подвигах, лишениях и колоссальном труде в эвакуации. И, конечно, представлена и современная хроника университета, научные труды и изобретения, открытия и патенты, спортивные достижения, волонтерские достижения.
Также мы можем гордиться, что музей дополнительно служит учебной комнатой для студентов в рамках курса истории, философии. Здесь же проводятся экскурсии и ознакомительные занятия для школьников, встречи молодежи с ветеранами и другие мероприятия по военно-патриотическому воспитанию, экскурсии для сотрудников, студентов и гостей вуза.
В настоящее время в составе экспозиции музея представлены более восьмисот экспонатов, а в фондах на данный момент сохранены более полутора тысяч предметов основного и научно-вспомогательного фондов.
