Музей был создан в 1990 году, в год 70-летия Кубанского медицинского института им. Красной Армии, ныне КубГМУ.
В экспозиции музея представлены материалы по истории развития медицины на Кубани с конца XVIII века и материалы по истории создания и развития КубГМУ от медицинского факультета в составе Кубанского университета (1920 г.) до самостоятельного Кубанского государственного медицинского института имени Красной армии (1925 – 1994 г.), затем Кубанской государственной медицинской академии (1994 – 2005 г.) и Кубанского государственного медицинского университета (с 2005 г. по настоящее время).
Широко представлена работа сотрудников вуза по ликвидации инфекционных и эндемических заболеваний в регионе, участие вуза в Великой Отечественной войне, подвиги выпускников, сотрудников и студентов, восстановительный период после ВОВ, а также современная история университета, научные работы (изобретения, открытия), спортивные достижения, волонтерское движение. Кроме того, освещена история основного здания вуза, являющегося памятником архитектуры Кубани.
Музей служит учебной комнатой для студентов в рамках курса истории медицины. Здесь же проводятся тематические семинары для школьников, встречи молодежи с ветеранами и другие мероприятия по военно-патриотическому воспитанию, экскурсии для гостей вуза и слушателей факультета последипломной подготовки специалистов.
В настоящее время в экспозиции музея представлены более 800 экспонатов (документы, фото, медицинские приборы и инструменты и др.). Еще более 1500 предметов хранится в научно-вспомогательном фонде.
