Кафедру патологической анатомии основал в октябре 1920 года первый ректор Кубанского медицинского института, известный патологоанатом профессор Николай Федотович Мельников-Разведенков.
С 1924 до 1926 года кафедру возглавлял доцент Владимир Васильевич Лауэр. Ассистентом на кафедре работал А. В. Абрамов. В 1926 году заведующим кафедрой был избран профессор Георгий Степанович Кулеша. С ним работали ассистенты М. К. Даль, И. М. Малинин и С. М. Покровский. В 1928 году Г. С. Кулеша издал двухтомный учебник патологической анатомии. С 1930 по 1941 годы кафедру возглавлял профессор Иван Михайлович Малинин.
В 1941 по 1947 годах кафедрой патологической анатомии заведовал Сергей Михайлович Покровский. На кафедре в этот период был один ассистент С. С. Касабьян. В 1947 году заведующим кафедрой назначен доцент Георгий Павлович Милаш. Ассистентами работали С. М. Покровский, В. П. Лицманенко, К. П. Косова, З. И. Барабаш.
С 1962 по 1988 год кафедрой руководила профессор Нина Владимировна Онопченко. В эти годы на кафедре преподавали доценты Г. П. Милаш, В. А. Добрынин, М. А. Гунько, В. М. Еремин, И. Ф. Иваниченко; ассистенты кандидаты медицинских наук Н. Ю. Белозеров, Г. Н. Кучерявый, Б. М. Швыряев. Сотрудники кафедры проводили научные исследования в области онкоморфологии. Под руководством профессора Н. В. Онопченко выполнено более 50 кандидатских и докторских диссертаций.
С 1988 по 2002 год заведовал кафедрой профессор Леонид Александрович Фаустов. Он был руководителем одной и научным консультантом трех кандидатских диссертаций. На кафедре работали доценты М. А. Гунько, В. М. Еремин, И. Ф. Иваниченко, Л.Р. Курашвили; ассистенты М. М. Баранова, И. С. Бухмастова, Е. А. Востропятова, Ю. Н. Губонин, В. И. Коструб, Е. В. Лохматихина, В. Л. Маковецкая, А. Б. Павлова, В. В. Судаков, В. А. Сычев. В сентябре 2002 года решением ученого совета КГМА кафедра патологической анатомии была реорганизована путем слияния с кафедрой судебной медицины. Объединенной кафедрой заведовал профессор Валерий Анатольевич Породенко.
В декабре 2003 года вновь создана самостоятельная кафедра патологической анатомии. В 2004 году заведующим кафедрой избран профессор Александр Александрович Славинский. Под его руководством подготовлено 15 кандидатских диссертаций. Сотрудниками кафедры были доценты Г. В. Никитина, Л. Р. Курашвили, ассистенты Б. В. Балачевский Ж. М. Васильчева, Е. С. Севостьянова, старший лаборант А. Б. Павлова. В настоящее время на кафедре работают доценты Л. М. Чуприненко (заведующая учебной частью кафедры), А. А. Веревкин, В. Л. Друшевская, А. С. Сотниченко, ассистенты М. В. Кристесиашвили и С. В. Сказкина, старший лаборант А. Э. Хоружая.
В учебном процессе кафедра широко использует компьютерные технологии. Учебные аудитории оборудованы электронными экранами с цифровыми носителями информации. Мультимедийными презентациями обеспечены лекции и практические занятия, создана цифровая коллекция макро- и микропрепаратов.
Основные научные направления кафедры – «Цифровая патоморфологическая и иммунофенотипическая характеристика межклеточных коопераций при воспалении, отторжении трансплантата и неопластической трансформации тканей» и «Структурно-цитохимические признаки активации нейтрофильных лейкоцитов крови и клеточного инфильтрата при воспалительном и ишемическом повреждении тканей». Преподаватели кафедры работают в Лаборатории фундаментальных исследований в области регенеративной медицины и в патологоанатомическом отделении Клиники ФГБОУ ВО КубГМУ Минздрава России.