Начало деятельности кафедры хирургии стоматологического факультета было положено в 1967 году. Тогда при кафедре общей хирургии был организован курс хирургии стоматологического факультета. В 1969 году курс хирургии стал самостоятельным, его возглавил доцент Магомет Кертибиевич Надгериев (1916 г. рождения, заведовал кафедрой с 1969 г. по 1987 г.), в годы Великой Отечественной войны – хирург медсанбата, с 1946 года – главный врач больницы г.Орджоникидзе, а затем – министр здравоохранения Северной Осетии. В 1960–1969 годах он был заведующим кафедрой общей хирургии и ректором Благовещенского медицинского института. В 1971 г., после защиты М. К. Надгериевым докторской диссертации «Функциональное состояние поджелудочной железы и печени при язвенной болезни после резекции желудка различными методами», курс хирургии был преобразован в кафедру хирургии стоматологического факультета. На кафедре Кубанского мединститута под его руководством работали кандидаты медицинских наук Н.И. Колосова, Д.Д. Гурджиян, Т.Н. Евстафьева, И.Д. Устиновская. Кроме того, в разное время – доцент В.А. Рисованный, О.Е. Гвазава. Базой кафедры была 1-я городская клиническая больница.
Истоки будущей кафедры хирургии педиатрического факультета берут начало в мощной многопрофильной клинике госпитальной хирургии, которой руководил корифей кубанской хирургии, заслуженный деятель наук, профессор Георгий Николаевич Лукьянов.
В 1973 г. на базе филиала кафедры госпитальной хирургии в больнице ХБК был создан Краевой центр хирургии сосудов. В 1975 г. была открыта самостоятельная кафедра хирургии педиатрического факультета, которую возглавил профессор Георгий Григорьевич Сычёв. Первыми преподавателями кафедры были доцент А. И. Славов, кандидат медицинских наук Ю. И. Мамелов, Ю. Н. Сидельников и В. В. Токмачев. За период с 1973 г. по 1983 г. в краевом центре ангиохирургии выполнено около 7 тысяч сложнейших операций на аорте и её ветвях, магистральных артериях и венах.
По результатам работы Краснодарский краевой центр ангиохирургии был отмечен министром здравоохранения Б. В. Петровским как один из лучших в стране.
Собственная история кафедры хирургии педиатрического и стоматологического факультетов (ныне кафедра хирургических болезней) начинается с 1987 года, когда произошло объединение кафедр хирургии этих двух факультетов. Новой кафедрой заведовал профессор Г.Г. Сычёв. После ухода из жизни Г.Г. Сычева кафедрой некоторое время заведовал кардиохирург профессор Вадим Алексеевич Прелатов. Обязанности заведующего после его отъезда исполнял доцент Д.Д. Гурджиян. Основное направление его научной деятельности – хирургическая гастроэнтерология в том числе и хирургическое лечение больных с синдромом хронического колостаза.
С 1998 года кафедрой заведует доктор медицинских наук, профессор Сергей Евгеньевич Гуменюк. В настоящее время под его руководством кафедра работает в следующем составе: доцент, к.м.н. Сидельников Алексей Юрьевич, к.м.н. Каушанский Валерий Борисович, к.м.н. Гладкий Евгений Юрьевич, ассистенты к.м.н. Губиш Алексей Владимирович. Леви Илья Аркадьевич, Ушмаров Денис Игоревич, Батчаева Рамина Анзоровна, Никитин Роман Викторович. Функции лаборанта на протяжении всего существования кафедры исполняет Федосеева Людмила Павловна.
На кафедре преподаются следующие дисциплины: общая хирургия, факультетская хирургия, урология; госпитальная хирургия для студентов 2-5 курсов педиатрического факультета и общая хирургия, хирургические болезни для студентов 34 курсов стоматологического факультета КубГМУ.
Основные направления научной деятельности кафедры: гнойно-септическая хирургия, вопросы диагностики и хирургического лечения проявлений синдрома дисплазии соединительной ткани, вопросы хирургического лечения синдрома хронического толстокишечного стаза, эфферентная терапия, сосудистая хирургия, эндоскопическая хирургия, бариатрическая хирургия, разработка компьютерного обеспечения для различных медико-биологических исследований.