Кафедра факультетской терапии – одна из старейших кафедр университета, организована в 1920 году. Первым на заведование кафедрой был назначен доктор медицинских наук, профессор Н.Н. Нижибицкий, выпускник медицинского факультета Санкт-Петербургского университета, который сумел в короткий срок организовать учебно-методическую работу, расширить и усовершенствовать диагностическую и лечебную базу. С 1928 по 1934 годы кафедрой (тогда она называлась «госпитальной терапии») руководил профессор Е.М. Жадкевич, который впервые описал клинику нового тифоподобного заболевания, вызываемого биполярной палочкой, внедрил в клинику комплексные методы терапии холеры, малярии, тифа, изучал влияние псекупских серных ванн на сердечно-сосудистую систему. В 1926–1928 и 1934–1945 годах заведовал кафедрой доктор медицинских наук, профессор К.М. Руткевич, ученик профессора В.П. Образцова – представителя Киевской школы. В этот период на кафедре активно изучались вопросы гастроэнтерологии (рак желудка, дизентерия), сердечно-сосудистого сифилиса, ревматизма, витаминологии, диагностики и лечения хронического холецистита, брюшного тифа. В клинику была внедрена методика комплексной терапии серозных плевритов. С 1945 по 1958 годы заведование кафедрой было поручено доценту, в последующем профессору Казимиру Антоновичу Пацевичу. Профессор К.А. Пацевич разрабатывал вопросы гематологии, эндемического зоба, бронхиальной астмы, а после служебной командировки в Китай внедрил в крае лечение заболеваний внутренних органов иглоукалыванием. В 1958–1965 годах кафедрой руководил кандидат медицинских наук, доцент Виктор Ельевич Богданов, которым было продолжено изучение вопросов гастроэнтерологии, ревматизма, курортологии. В то же время на кафедре работали доцентами Борис Григорьевич Цынколовский, Дмитрий Федорович Коробов, Федор Аронович Самойлович, позднее – Евгения Николаевна Агапова, Ольга Владимировна Крутовская, Иван Дмитриевич Михалев и 25 ассистентов (Т.Г. Бантова, Н.К. Мезенцева, С.Л. Литвинова и др.)
В течение 32 лет (1965–1997) кафедру возглавляла доктор медицинских наук, профессор, заслуженный врач Российской Федерации и заслуженный деятель науки Кубани Евгения Николаевна Агапова – выпускница Кубанского медицинского института, ученица академика А.Л. Мясникова. В дальнейших исследованиях в области кардиологии профессор Е. Н. Агапова и ее ученики – доценты и ассистенты: А.М. Ткаченко, Ю.В. Ионов, Э.П. Чулков, Е.Н. Елисеева, В.Н. Скляренко, А.Ю. Бледнова, В.И. Афаунова, Н.В. Залалдинова, З.Г. Басте, Т.П. Денисова, Р.Н. Новикова, Т.Н. Сорокина и др. продолжили и развили основные направления научной тематики Кубанской медакадемии. В 1986 году кафедра была переименована в кафедру факультетской терапии.
С июля 1997 года заведующей кафедрой является доктор медицинских наук, профессор Елисеева Л.Н. Под руководством Л.Н. Елисеевой на кафедре выполнено 26 кандидатских и 1 докторская диссертации.
На кафедре проводятся занятия со студентами 4го курса лечебного факультета, 5 курса медико-профилактического факультета и 3-5 курсов педиатрического факультета по следующие дисциплинам: факультетская терапия, профессиональные болезни, госпитальная терапия, медицинская реабилитация, профессиональные болезни, военно-полевая терапия. Подготовлены и обновлены методические разработки кафедры, созданы новые методические пособия с использование модульной системы. В соответствии с современными требованиями широко используются на практических занятиях, зачетах и экзаменах тестовые задания и тестовый контроль знаний, учебные истории болезни, на лекциях активно используется мультимедийное оборудование.
Сотрудники кафедры осуществляют лечебную работу в профильных отделениях ГБУЗ НИИ-ККБ №1.
Состав кафедры в настоящее время включает: зав. кафедрой д.м.н., профессор Елисеева Л.Н., доценты: к.м.н.: Басте З.А., Бледнова А.Ю, Малхасян И.Г.,Самородская Н.А., Семизарова И.В., Сирунянц А.А., ассистенты к.м.н.: Белозерова Н.П., Тихомирова Н.Ю., Фролова Т.И., старшие лаборанты к.м.н. Ждамарова О.Л., Серебрякова С.С..