Предпосылки создания факультета возникли в связи с большой потребностью края во врачах-педиатрах. Непосредственным исполнителем подготовки открытия факультета был доцент кафедры детских болезней В.П. Настенко, который в дальнейшем стал первым деканом педиатрического факультета. Открытие третьего факультета поставило Кубанский государственный институт им. Красной Армии в ряд крупных высших учреждений Северного Кавказа, что позволило в дальнейшем получить звание медицинской академии (1996 год), а затем и университета (2005 год). На протяжении последующих лет деканами факультета были профессор В.П. Настенко, доценты В.М. Сысоев, Ю.М. Перов, А.Я. Назаров, В.П. Борисков, В.М. Надгериев, профессор В.А. Тараканов, профессор И.И. Куценко, профессор В.А.Шашель.
С 2013 года факультет возглавляет профессор С.Е. Гуменюк.
На факультете осуществляется политика подготовки врачей-педиатров для районов края по государственному заказу на бюджетной форме обучения, целевому набору, по Губернаторской программе «Врачебные кадры для сельского здравоохранения» и субъектов Российской Федерации (Калмыкия, Чеченская республика, Ингушетия, Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкессия и др.), на хозрасчетной форме обучения.
В настоящее время педиатрический факультет превратился в высококвалифицированное подразделение Кубанского государственного медицинского университета. Студенты обучаются на 40 кафедрах КубГМУ, 5 – из которых являются выпускающими.
Образование на факультете осуществляется на основе Государственного образовательного стандарта – 2 и Государственного образовательного стандарта – 3, согласно которым по каждой дисциплине на всех кафедрах наработаны учебно-методические комплексы, включающие в себя: рабочую программу, методические указания для преподавателей и студентов, для самостоятельной работы студентов. Большое значение придаётся выработке практических знаний и умений, внедрению современных методов обучения студентов в виде тестирования, лекции с демонстрацией слайдов, мультимедиа, деловых игр, решения ситуационных задач.
Преподавание осуществляют высококвалифицированные преподаватели: 38 профессоров, 44 доктора медицинских наук, 90 доцентов, 78 ассистентов кандидатов медицинских наук. Остепенённость преподавателей составляет 76%.
Вопросы организации, проведения и оптимизации учебного процесса на факультете реализует Совет педиатрического факультета (возглавляет профессор С.Е. Гуменюк) и методическая комиссия факультета (возглавляет доцент О.В. Первишко).
На факультете осуществляется внутрифакультетская система контроля качества подготовки специалистов, в первую очередь – это введение рейтинговой системы контроля результатов обучения, которая позволяет объективно оценить каждого студента, группу, курс, средний балл изучаемых в данном семестре дисциплин и сравнить эти данные с результатами экзаменационной сессии. Степень подготовленности выпускников оценивается по рейтингу успеваемости, по результатам Итоговой государственной аттестации. На протяжении последних 5 лет 100% выпускников педиатрического факультета в ходе ИГА оцениваются только положительно.
Большое значение на факультете придается воспитательной работе со студентами и формированию, стимуляции развития личности обучающейся молодежи. Во всех рабочих программах изучаемых дисциплин отражены аспекты работы по развитию нравственных, психологических и профессиональных качеств личности студентов.
Студенты педиатрического факультета после окончания вуза могут быть трудоустроены и работать по большинству специальностей, как в лечебных учреждениях детского профиля, так и оказывать медицинскую помощь взрослому населению.