В 2000 году принято постановление главы администрации края № 905 «О чрезвычайной ситуации заболеваемости туберкулёзом населения Краснодарского края». В рамках совершенствования фтизиатрической службы Краснодарского края были открыты диспансерное отделение Кропоткинского противотуберкулёзного диспансера, флюорографическое отделение в Краснодарском городском тубдиспансере, стационар Славянского диспансера, туберкулёзные отделения в Выселковском, Усть-Лабинском, Белоглининском районах и в городе Горячий Ключ.
В 2002 году по инициативе заведующего кафедрой госпитальной терапии Кубанской государственной медицинской академии – профессора Виталия Викентьевича Скибицкого было организовано Краснодарское кардиологическое общество, которое было призвано объединить как кардиологов, так и врачей смежных специальностей (терапевтов, эндокринологов, неврологов и клинических фармакологов).
В ноябре 2003 года в Краевой клинической больнице № 1 им. профессора С.В. Очаповского был сформирован Краевой нейрохирургический центр. Данное подразделение включало: неврологическое, плановое и экстренное нейрохирургическое, нейрореанимационное отделения и диагностическую службу. Центр возглавил заведующий кафедрой нервных болезней и нейрохирургии с курсом нервных болезней и нейрохирургии ФПК и ППС Кубанской государственной медицинской академии – профессор Герасим Григорьевич Музлаев. В том же году на базе городской больницы №2 города Краснодар было создано единственное на юге страны отделение эндокринной хирургии. Данное отделение получило статус межтерриториального специализированного центра, оказывающего высококвалифицированную хирургическую помощь больным с различными патологиями эндокринной системы хирургического профиля.
В 2004 году постановлением главы администрации Краснодарского края Краевая клиническая больница № 1 им. профессора С.В. Очаповского была объединена с Центром грудной хирургии. Возглавил объединённое учреждение главный торакальный хирург Краснодарского края, заведующий кафедрой онкологии с курсом торакальной хирургии ФПК и ППС КубГМУ, член-корреспондент РАН, д.м.н., профессор Владимир Алексеевич Порханов. После реструктуризации больница получила значительный стимул к развитию. Были открыты новые направления оказания специализированной медицинской помощи: вертебрология, сосудистая хирургия, рентгенохирургия, кардио- и торакальная хирургия. На базе ККБ № 1 им. профессора С.В. Очаповского сформировались специализированные центры: нефрологический, неврологический и травматолого-ортопедический.
В марте 2005 года в соответствии с проведенной реорганизацией, были созданы Управление Роспотребнадзора по Краснодарскому краю и ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Краснодарском крае». В том же году, после прохождения аккредитации Кубанская государственная медицинская академия получила статус Кубанского государственного медицинского университета. Образовательная и научная деятельность вуза вышла на новый современный уровень, соответствуя высоким стандартам.
1 января 2007 года на базе отделения гематологии Детской краевой клинической больницы был организован «Краевой детский онкогематологический центр».
С 2009 года на Кубани начала работать донорская программа. За первые десять лет работы программы было выполнено более 800 пересадок донорских органов – почек, сердца, печени.
В 2011 году на территории Детской краевой клинической больницы министерства здравоохранения Краснодарского края был открыт Краевой перинатальный центр, ставший главным центром акушерской помощи в регионе.
С 2012 года благодаря администрации Краснодарского края в Краевой клинической больнице им. профессора С.В. Очаповского впервые в России начато выполнение на бесплатной основе рефракционных операций по эксимерлазерной коррекции зрения жителям Кубани.
В феврале 2013 года по инициативе губернатора Краснодарского края А.Н. Ткачева система оказания медицинской помощи региона была усилена подразделением санитарной авиации.
В марте 2019 года на базе поликлиники Краевой клинической больницы № 1 им. профессора С.В. Очаповского был открыт первый в регионе Центр амбулаторной онкологической помощи. В том же году количество подобных подразделений в Краснодарском крае было доведено до 10. Данное решение позволило оптимизировать процесс оказания помощи онкологическим больным.
К 2020 году медицинская сеть Краснодарского края насчитывала более 250 больничных учреждений, 52 диспансера, 262 амбулаторно-поликлинических учреждения, 36 стоматологических учреждений, 225 здравпунктов, 744 ФАПов и ФП, 20 санаториев, 11 учреждений особого типа.