Особенно тяжёлой страницей в истории медицины Кубани, как и всей страны, является период Великой Отечественной войны и в особенности период оккупации Краснодарского края (с августа 1942 по октябрь 1943 года).
К началу 1941 года в Краснодарском крае располагалось 219 больниц, из них 162 больницы в сельской местности. На 10000 населения в среднем приходилось 40 коек (89 в городах и 22 в сельской местности). На 10000 населения приходилось 6,6 врача (в городах – 21,5 и в сельской местности – 2,1). В структуре причин смертности населения в этот период, по данным Краевого Статистического Управления, выделяли ряд болезней: сыпной тиф, воспаление легких, туберкулез, грипп, желудочно-кишечные заболевания, а также травмы, полученные при бомбежках вражеской авиации.
Уже 23 июня 1941 года краснодарские краевые власти самостоятельно начали подготовку помещений для приема раненых. Узнав о начале военных действий, многие жители Кубани приняли решение о поступлении на добровольческую службу в медицинских учреждениях. Обусловлено это было тем, что регион считался территорией тыла, подходил для размещения раненых и создание эвакуационных госпиталей являлось лишь вопросом времени. Так в середине июля городские, а позже и краевые власти получили от Наркомздрава задание по формированию госпиталей. С данной целью было решено произвести реорганизацию здравниц Черноморского побережья, а город Сочи стал городом-госпиталем (за период войны там было дислоцировано 111 военных госпиталей, среди которых госпиталь № 2135 стал единым сортировочным для всей госпитальной базы).
5 августа 1941 года сочинские госпитали приняли первых раненых. В это же время первые партии раненых принимал и город Туапсе. Для кубанцев прибытие раненых стало первым увиденным своими глазами страшным итогом войны, пока еще далекой от края. Ведущими хирургами эвакогоспиталей стали профессора Кубанского медицинского института им. Красной Армии: М.Н. Кириевский, В.К. Красовитов, И.А. Агеенко, В.Д. Бантов, Ф.И. Ашмарин, П.В. Лепяхов, И.Н. Терновский, А.А. Фролов, Н.А. Гуревич и многие другие. Профессор Н.П. Пятницкий внедрил в практику госпиталей методы капельных вливаний приготовленного по авторской методике из хвои витамина С.
Приём раненых для распределения по госпиталям (Сочи, 1941)
К 20 сентября 1941 года непосредственно в краевой столице было размещено 8 эвакогоспиталей, и госпиталь № 3201 располагался в станице Пашковской. В сумме их мощность составляла 3680 коек.
Ввиду перемещения в рамках страны больших масс людей в Краснодарском крае сложилась крайне неблагоприятная санитарно-эпидемическая обстановка. Уже в начале декабря 1941 года были выявлены первые массовые случаи заражения сыпным тифом, а к февралю 1942 года было зарегистрировано более 550 случаев заболевания в 53 районах. Для борьбы с инфекцией были созданы эпидотряды, включающие врача, фельдшера и дезинфектора, под управлением сформированной краевой противоэпидемической комиссии во главе с председателем крайисполкома П.Ф. Тюляевым.
9 августа 1942 года началась оккупация городов Кубани. Установился «новый порядок», направленный на использование оккупированных территорий в интересах экономики Германии и ликвидации русского населения. Уже утром 22 августа 1942 года в третью городскую больницу вломились немцы под руководством немецкого офицера «доктора» Герца, который, собрав весь персонал больницы, объявил: «Немецкое командование приказало, чтобы больных во время войны не было». Сразу после этого пациентам было приказано раздеться и отправляться в автомобили тех, кто не мог идти самостоятельно, грузили на носилках. Как потом выяснилось, машины, в которые грузили больных, являлись «душегубками», а ни в чём не повинные люди шли на верную смерть, даже не подозревая об этом. Именно в Краснодаре впервые массово были применены «душегубки» – автомобили, приспособленные для травли находящихся в ней людей угарным газом из выхлопной трубы. В тот день «машины смерти» совершили четыре рейса, погубив около 300 пациентов, после чего было решено оставить 20 коек для госпитализации больных, с целью «отлова» новых жертв.
Немецкий карательный автомобиль «Газенваген», или «душегубка»
После уничтожения всех нетрудоспособных пациентов оккупационное правительство пришло к решению, что трудоспособным гражданам города все же будет оказываться медицинская помощь. Однако за вызов врача и посещение амбулатория люди платили большие деньги, а появившиеся в городской аптеке лекарства стоили в 10 раз дороже, чем до начала оккупации. На базе частично разрушенной при первых бомбёжках города первой городской больницы, в чудом уцелевшем главном корпусе было открыто терапевтическое отделение для приёма рабочего населения. Работали там как местные врачи, так и приписанные к больнице врачи из ряда оккупационных сил. Обращались люди в это отделение только при крайней нужде.
Повреждение главного корпуса городской больницы города Краснодара (после освобождения города от фашистско-немецкой оккупации)
12 февраля 1943 года были освобождены город Краснодар и Кореновский, Роговской, Тимашевский районы. Сразу начался процесс повторного формирования эвакуационных госпиталей. После освобождения краевого центра М.Н. Кириевский был назначен начальником управления эвакогоспиталей при краснодарском Крайздравотделе и состоял в этой должности до конца войны. С марта по май 1943 года в Краснодаре было развёрнуто 14 госпиталей на 7100 коек. Городская станция переливания крови ежесуточно давала госпиталям и больницам 40 литров донорской крови. В течение года донорами стали 2 тысячи краснодарцев. Большая помощь оказывалась военным госпиталям шефствующими организациями — все предприятия и учреждения были закреплены за палатами госпиталей. Помощь также оказывали комсомольские и пионерские организации. Согласно справке Краевого отдела здравоохранения, в военные годы Краснодарская краевая станция переливания крови впервые в Советском Союзе применила способ консервации крови в нестандартную посуду, так как край испытывал дефицит стандартной тары. Такое решение позволило заготовить 50 тонн крови, а это около 90 тысяч спасенных жизней солдат и офицеров.
Летом 1943 года, в разгаре наступательных операций Красной Армии на Кубани, перед Краснодарским Краевым отделом здравоохранения всё ещё стояла неотложная задача – организовать региональную сеть эвакогоспиталей в условиях после оккупационной разрухи. Эти эвакогоспитали должны были принимать на себя, наряду с фронтовыми, контингент раненых, прибывающих с «Голубой линии». Одним из таких эвакогоспиталей являлся эвакогоспиталь № 5440 в Краснодаре, который сохранился до наших дней в статусе Краевого клинического госпиталя для ветеранов войн им. проф. В.К. Красовитова (начальник – доктор медицинских наук Сергей Иванович Исаенко). В конце июля 1943 года данное учреждение было переформировано под инфекционный профиль, а в начале мая 1944 года поступило распоряжение о срочной реорганизации госпиталя в хирургический (13 мая 1944 года была получена с фронта первая партия общехирургических больных). С 1 июля 1944 года госпиталь получил протезно-хирургический профиль, которым оставался до 1 марта 1946 года, когда согласно Правительственному распоряжению он окончательно реорганизовался в Протезно-ортопедический госпиталь для инвалидов Отечественной войны.
Здание эвакогоспиталя № 5440 (Краснодар, 1946 год)
В октябре 1943 года войска Северокавказского фронта завершили разгром таманской группировки оккупантов, тем самым полностью освободив Кубань от немецких войск. При отступлении немецкие войска полностью забрали с собой все возможные медикаменты, оставив больницы города разграбленными. Большая часть медицинского оборудования была либо вывезена, либо уничтожена нацистами. Немецко-фашистские захватчики разрушили и сожгли в Краснодарском крае 42 (89 %) городские и 142 (88,7 %) сельские больницы, 43 (93,3 %) поликлиники и 237 (72 %) сельских амбулаторий — всего 607 медицинских учреждений на 5,5 тысячи коек. Кроме того, здание Кубанского медицинского института им. Красной Армии было в значительной мере разрушено и разграблено. Восстановление медицинской инфраструктуры Кубани проходило в достаточно интенсивном темпе, и к концу 1944 года в крае функционировало уже около 90 % довоенного больничного фонда.