Лечебная деятельность ГБОУ ВПО КубГМУ Минздрава России проводится в соответствии с Федеральным Законом № 323-ФЗ от 21 ноября 2011 года «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации», приказом МЗ РФ № 228 от 29 сентября 1993 года «Об утверждении положения о клиническом лечебно-профилактическом учреждении», Уставом ГБОУ ВПО КубГМУ Минздрава России и другими нормативными документами. Сотрудниками университета лечебная и консультативно-диагностическая работы осуществляются на базе клиник университета  оснащенных новейшим лечебно-диагностическим оборудованием (Базовой акушерско-гинекологической клиники и Стоматологической поликлиники), а также более 130 медицинских учреждений Краснодарского края, включая ведущие краевые клиники и Центры.
          Профессорско-преподавательский состав клинических кафедр, врачи клиник вуза, являются высококвалифицированными специалистами в своей области, имеющими сертификаты на право ведения медицинской деятельности и квалификационные категории. Часть высококлассных специалистов университета включены в реестр экспертов качества медицинской помощи территориального фонда обязательного медицинского страхования Краснодарского края, в реестр экспертов территориального органа Росздравнадзора по Краснодарскому краю, в список главных внештатных специалистов по медицинскому обслуживанию населения Министерства здравоохранения Краснодарского края.

          ГБОУ ВПО КубГМУ Минздрава России участвует в выполнении государственного задания на оказание высокотехнологичной медицинской помощи гражданам Российской Федерации по разделу акушерство-гинекология.
          Клинические кафедры университета оказывают содействие в реализации программ по охране и укреплению здоровья населения Краснодарского края, вопросах пропаганды здорового образа жизни, методическую помощь органам практического здравоохранения.
          Контроль и анализ медицинской деятельности университета возложен на клинической отдел, организованный в 1994 году. К основным задачам отдела относятся: контроль и анализ лечебной работы клинических кафедр и лечебно-профилактических структурных подразделений вуза, организация медицинских осмотров сотрудников и студентов, заключение договоров о совместной работе университета с организациями и учреждениями практического здравоохранения в целях улучшения качества медицинской помощи населению.